Tumor profiling

寻百会生物拥有丰富的高通实验室技术和数据分析经验,可以对癌症病人样本进行 RNA-seq, DNA-seq, ATAC-seq 和 TCR-seq 实验,并且构建了相应的数据分析流程。RNA-seq 可以反应肿瘤病人基因表达谱及肿瘤免疫细胞浸润丰度;DNA-seq 可以用于检查病人基因突变频率和突变类型;ATAC-seq 可以从表观遗传角度分析肿瘤病人样本的染色质开放程度;TCR-seq 则可以分析 T 细胞受体 (T cell receptor,TCR); 此外寻百会生物有丰富的基因组学数据整合分析经验和方法学建立经验,可以通过多组学数据的整合分析鉴定与肿瘤发生、发展、转移、治疗反应性、转归等密切相关的肿瘤标志物。

T cell repertoire

寻百会生物利用所开发的 TRUST 算法可以通过 RNA-seq 数据鉴定 CDR3 序列,TRUST 系统分析了 29 种癌症的 9142 个 RNA-seq 样本并鉴定了超过六十多万个肿瘤浸润 T 细胞 CDR3 序列。通过多角度的精确度和准确度的对比检验,TRUST 成为目前针对 RNA-seq 数据最佳的算法;通过对鉴定的 CDR3 序列的分析发现浸润 T 细胞的多样性与肿瘤体细胞突变负荷呈强正相关性;利用 MHCI 亲和性预测和肿瘤体细胞突变的综合分析,鉴定出的 MUC4, PRAMEF4 和 MUC5B 基因上的强亲和位点可能会被免疫系统识别, 具有作为肿瘤免疫治疗靶点的潜力。

Tumor-Infiltrating immune cell

肿瘤微环境中的免疫细胞组成常常会决定其对某种特定疗法的响应,尤其是会决定癌症免疫疗法的成败。通过肿瘤 RNA-seq 数据可以计算肿瘤浸润免疫细胞的成分和丰度, 可以被用以挖掘遗传分子与肿瘤浸润淋巴细胞的关系和鉴定肿瘤疫苗靶点。寻百会利用所开发的 TIMER 算法估计肿瘤浸润免疫细胞并将该算法运用到 TCGA 数据库, 发现免疫细胞的浸润水平与肿瘤病人的临床特征、病毒感染状态和遗传分子的改变都有很强的相关性。